Применение параллельных эволюционных алгоритмов оптимизации в задачах структурной биоинформатики

  • Сергей Владимирович Полуян ГБОУ ВО МО "Университет "Дубна"
  • Николай Михайлович Ершов ФГБОУ ВО «Московский государственный университет имени М. В. Ломоносова»

Аннотация

Настоящая работа посвящена исследованию области применения стохастических  эволюционных алгоритмов оптимизации в задачах структурной биоинформатики: предсказание трехмерной структуры пептида по аминокислотной последовательности и предсказание структуры комплекса пептид-белок. Продемонстрированы основные положения, сводящие рассматриваемые задачи к задаче непрерывной глобальной оптимизации, и предложен способ использования эволюционных алгоритмов. Описана схема применения параллельных вычислений и проведена параллельная реализация алгоритмов. Представлены результаты разнообразных численных экспериментов. Показаны перспективы использования эволюционных алгоритмов в актуальных задачах структурной биоинформатики.

Биографии авторов

Сергей Владимирович Полуян, ГБОУ ВО МО "Университет "Дубна"
асп. каф. системного анализа и управления «Университета «Дубна». Маг. в обл. прикл. мат. и информатики
Николай Михайлович Ершов, ФГБОУ ВО «Московский государственный университет имени М. В. Ломоносова»
ст. науч. сотр. факультета ВМК МГУ им. М.В. Ломоносова, канд. физ.-мат. наук по спец. мат. моделирование, числ. методы и комплексы программ (ВМК МГУ, 1995). Иссл. в обл. эволюционных и роевых методов оптимизации
Опубликована
2017-15-12
Как цитировать
ПОЛУЯН, Сергей Владимирович; ЕРШОВ, Николай Михайлович. Применение параллельных эволюционных алгоритмов оптимизации в задачах структурной биоинформатики. Вестник УГАТУ, [S.l.], v. 21, n. 4 (78), p. 143-152, дек. 2017. ISSN 1992-6502. Доступно на: <http://journal.ugatu.ac.ru/index.php/Vestnik/article/view/143>. Дата доступа: 20 сен. 2018
Раздел
ИНФОРМАТИКА, ВЫЧИСЛИТЕЛЬНАЯ ТЕХНИКА И УПРАВЛЕНИЕ